军人犯罪调查程序主要依据《中华人民共和国刑事诉讼法》进行，具体流程如下：
军队保卫部门的侦查权
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第三百零八条的规定，军队保卫部门对军队内部发生的刑事案件具有侦查权。
军队保卫部门在接收到报案或线索后，会进行初步调查，判断是否立案。如果初步调查认为存在违法犯罪行为，军队保卫部门将正式立案，并展开全面侦查。
侦查流程
军队保卫部门在侦查过程中，会采取一系列措施来收集证据、查明案情，包括询问证人、勘验现场、提取物证、技术鉴定等。必要时，军队保卫部门还可以采取强制措施，如拘留、逮捕犯罪嫌疑人等。
侦查终结后，案件将移送相应的检察机关审查起诉。检察机关在审查起诉过程中，会进一步核实证据、审查案情，并决定是否提起公诉。
处理流程
军人犯罪案件由军队保卫部门进行侦查，收集证据、查明事实。侦查终结后，案件将移送军事检察机关审查起诉。军事检察机关将对案件进行审查，决定是否提起公诉。如果军事检察机关提起公诉，案件将进入审判阶段。军事法院将对被告人进行审判，并根据事实和法律作出判决。
涉及地方人员的案件
如果军人在地方犯罪，当地公安机关应立即交给军队保卫部门调查。
如果地方人员在军队营区作案，由军队保卫部门移交公安机关侦查。如果军人与地方人员共同在军营犯罪，以军队保卫部门为主组织调查，公安机关配合。
法律依据
《公安机关办理刑事案件程序规定》第三十一条规定，公安机关和军队互涉刑事案件的管辖分工按照有关规定办理。
总结：
军人犯罪调查程序主要由军队保卫部门负责侦查，涉及地方人员的案件会由地方公安机关移交军队保卫部门处理。整个流程包括初步调查、立案、侦查、移送检察机关审查起诉、军事检察机关审查起诉、军事法院审判等步骤。