税务处理调查程序通常包括以下几个步骤：
信息收集 ：税务机关首先收集相关纳税人的信息，这包括财务报表、纳税申报、发票等。风险评估：
税务机关对收集到的信息进行分析和评估，以确定是否存在潜在的风险或异常情况。
立案：
如果发现纳税人存在违反税收法规的行为，税务机关将根据违章情况决定是否立案。具体立案标准由省、自治区、直辖市税务局根据本地情况确定。
调查
立案后，办案税务机关应组成调查组，制定调查方案，并经领导同意后实施。
调查时，调查人员应找知情人或被查处对象了解案发情况及有关线索，查阅相关的帐簿、报表、票证等纳税资料，检查商品、货物和资金往来情况，收集违章证据和有关资料。
调查机关和调查人员应将认定的事实同被查处对象见面，认真听取其申辩，然后写出调查报告。调查报告的主要内容包括立案依据、违章事实、问题性质、有关人员的责任、被查处对象的基本情况、态度和对其处理意见及其依据等。
处理
案件查清后，应报经领导批准，转入定性处理。对一切违反税收法规的行为，都应按照《税收征管暂行条例》及其他有关税收法规的规定进行处理。对立案查处的税务案件，都应经过主管税务机关的严格审议。
在做出处理决定或审查结论前，要指定专门机构或专人进行审理。审理人员应仔细审阅所有案件材料，如发现案情事实不清、证据不足、手续不全等情况，应让调查人员予以增补。审理结束后，审理人员应签署审理意见或写出审理报告，连同调查报告和其他有关材料一并报请领导审查决定。
执行：
根据税务处理决定，企业需要执行相应的税务处理措施，如补税、税务罚款等。税务机关可能会进行追踪和跟进，确保纳税人按照税务处理要求进行调整和报税。
后续跟进：
对于需要立案查处的税务案件，在调查结束后，还需要进行定性处理和审查结论，最终根据审查结果做出税务处理决定，并监督纳税人执行。
以上步骤构成了税务处理调查程序的完整流程，确保了税务违法行为得到有效查处。