科级干部卸任程序主要包括以下几个步骤：
提出辞职申请
科级干部本人需要向所在单位提交书面辞职申请，说明辞职原因、是否辞去公职以及辞职后的去向等情况，并作出辞职后遵守有关规定从业的承诺。
受理辞职申请
组织部门对领导干部辞职原因等情况进行审核，并提出初步意见。审核中重点审核辞职申请人是否符合辞职条件和辞职后从业限制的规定，听取纪检、监察、信访等部门的意见，并与本人谈话，了解情况。对负有经济责任的领导干部和其他有必要进行经济责任审计的领导干部，组织部门要委托审计部门对其进行经济责任审计。
讨论决定
根据审核、谈话、审计结果，县委常委会或单位党组集体研究，作出同意辞职、不同意辞职或者暂缓辞职的决定。
报送审批
同意辞职的，将讨论决定书面报任免机关人事部门审批，填写《公务员辞职申请表》。
任免机关审批
任免机关党组或人事部门对辞职申请进行审批，作出同意辞去公职或者不同意辞去公职的批复。同意辞去公职的，应当同时免去其他所任职务。
通知与备案
任免机关将审批结果以书面形式通知公务员所在单位和申请辞去公职的公务员，并将同意辞去公职的批复送同级公务员主管部门备案。
需要注意的是，具体的程序可能会因地区和单位的不同而有所差异，建议在实际操作中参照当地和组织部门的相关规定执行。