在三菱PLC中，可以通过以下几种方法编程运行指示灯闪烁：
使用SET/RESET指令
SET指令用于将一个位（或多个位）设置为ON状态。
RESET指令用于将一个位（或多个位）设置为OFF状态。
通过交替使用SET和RESET指令，可以实现编程闪烁的效果。例如：
```
SET Y0 // 将输出位Y0设置为ON状态
DELAY 500 // 延时500ms
RESET Y0 // 将输出位Y0设置为OFF状态
DELAY 500 // 延时500ms
JMP 001 // 跳转到第一个指令，实现循环
```
使用TOGGLE指令
TOGGLE指令用于将一个位（或多个位）的状态切换为相反的状态。
通过交替使用TOGGLE指令，可以实现编程闪烁的效果。例如：
```
TOGGLE Y0 // 将输出位Y0的状态切换为相反状态
DELAY 500 // 延时500ms
JMP 001 // 跳转到第一个指令，实现循环
```
使用SFRD指令
SFRD指令是三菱PLC中的一种特殊功能寄存器（SFR）操作指令，用于对特殊功能寄存器的位进行操作。
具体实现编程闪烁的步骤如下：
确定需要闪烁的输出点，例如Y0。
在程序中定义一个变量，用于控制闪烁的状态，例如定义一个变量blink。
在主程序中使用SFRD指令对Y0进行操作，将其值与blink变量进行异或运算。
在主程序中添加一个定时器，用于控制闪烁的频率。可以使用TON（Timer On Delay）指令或TOF（Timer Off Delay）指令来实现。
在定时器的触发条件中，将blink变量进行切换。
可以使用一个计时器变量来计数，当计数值达到一定阈值时，切换blink的值。
最后，在主程序中添加一个循环，使程序一直执行。
示例代码
```
SET Y0 // 将输出位Y0设置为ON状态
DELAY 500 // 延时500ms
RESET Y0 // 将输出位Y0设置为OFF状态
DELAY 500 // 延时500ms
JMP 001 // 跳转到第一个指令，实现循环
```
建议
确保你使用的三菱PLC型号和编程软件支持上述指令。
在实际应用中，可能需要根据具体的硬件配置和需求调整闪烁频率和延时时间。
如果问题仍然存在，建议检查PLC的硬件连接和电源设置，确保没有硬件故障。