历史遗留案件化解程序通常包括以下几个步骤：
问题排查
各乡镇（街道）各单位按要求报送企业历史遗留问题基本情况。
相关职能部门定期梳理汇总、初筛、上报，分层分类开展问题化解，并对上报化解情况进行备案。
交办与处置
在“帮企云”、企业维权服务平台、“96666”为企服务热线等载体平台上设立专栏专线，全面受理企业历史遗留问题化解诉求。
相关职能部门将问题交办给具体处理部门，相关部门根据各自职责进行处置。
调解与协商
鼓励当事人通过协商、调解解决纠纷。
如果当事人不愿协商或调解不成，可以向辖区仲裁机构申请仲裁或向人民法院起诉。
法律途径
根据纠纷内容直接向人民法院提起诉讼。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
证据收集与固定
尽力寻找类似情况的案例，了解其他人的处理方式和结果，作为维权的参考。
收集当年的材料、原始材料，特别是当年的人证，进行证据固定。
政策分析与适用
分析可能存在的土地使用权纠纷，并由当事人与他们之间通过协商求得解决之道。
考虑政策变化的影响，以当时的政策条款为基础，结合现行法律法规，做出全面考虑和评估。
联合行动与调解
多部门联合行动，如法院、派出所、司法所等，共同开展调解工作。
通过调查了解事件经过，协助各方梳理矛盾焦点，避免过激行为，寻找利益平衡点。
裁决与登记
对于拆迁历史遗留问题，根据具体情况，如原业主死亡或下落不明、产权转移等，按照相关法律法规进行裁决和登记。
销号与备案
对已经化解到位或解释到位的问题予以销号。
对整个化解过程进行备案，确保问题得到妥善解决。
通过以上步骤，可以系统地化解历史遗留案件，保护各方合法权益，促进社会和谐稳定。