政府强迁祖坟需要遵循以下程序：
合法依据
强迁必须基于公共利益的需要，例如国家重大基础设施建设（如铁路、公路等项目）。必须依据相关的土地征收等法律法规，如《中华人民共和国城乡规划法》。
法定程序
通知与协商：相关部门需对坟墓的相关权益人（如家属等）进行通知，告知迁坟的原因、时间、补偿等事宜，并进行协商。家属等权益人有权利表达意见并参与协商。
补偿安置：必须给予合理的补偿，补偿包括迁移坟墓的费用、重新安置的费用等。若协商不成，一般需要通过合法的行政程序或者司法程序来解决。
法律依据：城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。
具体操作流程
提交迁移请求：墓穴拥有者需凭公共墓地安葬证及持证人身份证明文件，向负责管理的公共墓地组织提交书面迁移请求。
商定搬离日期：双方将商定坟墓搬离的具体日期，并由业主承担搬运过程中产生的废弃物料清理和其他相关费用，同时确保将相关的公墓安葬证妥善归还给管理单位，以便进行相应的证照注销操作。
履行告知程序：因建设需要迁移坟墓，必须履行适当的告知程序，给予合理补偿，并预留充足时间。
证据保全与公证：政府实施强制平坟前应就有关事项向公证机关办理证据保全，依法向人民法院申请强制执行。
强制拆迁的条件
在法定期限不申请行政复议、不提起行政诉讼的情况下，政府可以出于公共利益强制平坟。
法律途径
如果祖坟被非法强拆，当事人可以向公安机关报案处理，也可以直接向人民法院提起行政诉讼，请求追究行政责任或申请行政复议。
村民代表大会同意
迁坟需经过村民代表大会三分之二以上成员同意。
政府审批与公告
拆迁必须经过县及以上政府国土部门的批准，并履行“两公告一登记”程序。
综上所述，政府强迁祖坟需严格遵循法律程序，确保合法、合理并给予适当补偿，同时保障家属的合法权益。当事人有权通过法律途径维护自己的权益。