辞退乡村医生的程序主要包括以下几个步骤：
考核与评估
乡村医生需要定期参加考核，以评估其工作表现和执业能力。如果连续2年考核不合格，县级卫生计生行政主管部门有权吊销其乡村医生执业证书，取消其上岗资格，并责令退出村卫生室执业。
违规行为处理
如果乡村医生存在严重违规行为，如严重失职、营私舞弊、给用人单位造成重大损害，或者被依法追究刑事责任，聘用其执业的村医疗卫生机构有权按照相关规定予以辞退处理。
规章制度遵守
乡村医生必须遵守用人单位的规章制度。如果严重违反规章制度，用人单位可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条解除劳动合同。
合同解除
在试用期间被证明不符合录用条件的乡村医生，用人单位可以解除劳动合同。
职业资格认证
辞退乡村医生时，卫生行政主管部门并无权限直接取消乡村医生的职业资格认证。通常情况下，乡村医生需要按照《乡村医生从业管理条例》的规定办理变更注册手续或注销执业注册。
补助政策
被辞退的乡村医生将不再享受任何补助政策。
综上所述，辞退乡村医生的程序主要依据《中华人民共和国劳动合同法》和《乡村医生从业管理条例》等相关法律法规，通过考核评估、违规行为处理、规章制度遵守、合同解除等步骤进行。在实际操作中，建议乡村医生在聘用期间积极提升自身专业能力和工作表现，以避免被辞退的风险。