工程结算程序通常包括以下几个步骤：
提交结算申请及相关资料
工程竣工后28天内，施工方需将结算申请、工程保修书及整套工程结算资料报送至监理方进行审核并签章。
监理方审核通过后，施工方再向甲方项目部报送工程竣工图纸及工程结算资料，甲方项目部需对这些资料进行审核并出具审核意见，然后转交至集团公司。
确定结算方式
根据施工合同条款，确定项目结算造价的增加与否，包括合同价款模式（如总价合同、单价合同、合同价加变更、成本加酬金合同等）。
对于总价包干模式，需明确包干内容是否全部完成，并进行现场实地测量与统计，对未完成项目进行核减。
内部审核流程
劳务班组收方并将工程量上交至项目部，项目部对上报的工程量进行审核，并填写《收量计算单》。
审计部根据实际收方数量和相关协议对《收量计算单》进行审核，得出结算金额，并填写《工程结算单》。
材料费结算流程中，采购员采购材料并验收后，将材料清单报销或交予核算部进行挂账，审计部根据现场收量数据和出入库数据进行审计。
四方验收
工程竣工验收合格后，进行四方验收，包括乙方、监理、甲方工程人员、预算人员等，签发合格证书并制作表格明确工程量增减情况，所有参与方需签认。
结算资料审核
施工单位根据甲方结算要求制作工程项目结算书，并提供完整的竣工图、设计变更单、现场签证等结算资料。
预算合约部收到资料后进行审核，确保符合公司签证要求和定额计算规定，然后进行造价测算核实。
结算款支付
验收合格后，甲方应按合同约定的时间支付工程验收款。如验收不合格，甲方有权要求乙方整改，整改合格后支付款项。
争议解决
如双方对结算结果有异议，应进行协商。协商一致后按协商结果结算；协商不成时，按主合同的争议解决条款处理。
记录和证据保留
在整个结算过程中，应做好现场记录和证据保留，包括工程量、完成情况、与甲方技术人员的核对记录等，以备不时之需。
第三方鉴定
若甲方拖延不签字，施工单位可自行记录工程量并寻找甲方技术人员核对，必要时可委托第三方进行鉴定。
通过以上步骤，可以确保工程结算的顺利进行，并保障双方的合法权益。建议在实际操作中，各方应严格按照合同约定和流程执行，确保结算过程公正、透明。