当法院拍卖房产三次流拍后，主要的处理方式包括：
发出变卖公告：
法院会在第三次拍卖结束后七日内发出变卖公告，公告期为60天。如果公告期满仍没有买受人愿意以第三次拍卖的保留价购买该财产，且申请执行人或其他执行债权人仍不接受该财产抵债，法院将解除对该财产的查封和冻结，并将其退还给被执行人。
以物抵债：
如果申请执行人或其他执行债权人同意接受以物抵债，法院可以将房屋按第三次拍卖的保留价折价抵偿给债权人。如果申请执行人拒绝接受以物抵债，法院会进行变卖，仍不接受抵债的，法院可解除查封、冻结，将房屋退还被执行人。
重新启动拍卖程序：
在某些情况下，如果解除查封可能影响到申请执行人的债权权益实现，法院可能会决定继续查封并重新启动拍卖程序。这种情况通常是在市场价格有显著变化时，法院为了保护债权人的利益，可能会重新评估和拍卖涉案标的物。
综上所述，法院拍卖房产三次流拍后，主要的处理方式包括发出变卖公告、解除查封并退还财产，或是重新启动拍卖程序。这些处理方式都需要综合考虑申请执行人的意愿和法律规定，以及市场条件的变化。