食品药品扣押程序主要包括以下几个步骤：
申请与审批
行政机关在发现需要实施查封或扣押的情况时，应首先进行内部审批，确保符合立案条件。
符合立案条件的，填写《立案申请表》，经主管领导审批后，填写《行政处理通知书》并送达当事人。
不符合立案条件的，解除查封扣押，填写《解除查封扣押物品通知书》和物品清单，将被查封扣押物品返还当事人。
实施查封扣押
执法人员应出示执法证件，说明来意，依法实施查封扣押。
制作查封扣押物品清单，出具《查封扣押物品通知书》，执法人员、当事人、有关人员当场签字或盖章。
保管与处理
行政机关应对查封扣押的财物进行妥善保管，确保其安全和完整。
查封期限届满后，行政机关逾期未作决定的，被查封的物品视为解除查封。
延长与告知
如果情况复杂，经行政机关负责人批准，查封扣押的期限可以延长，但延长期限不得超过三十日。
延长查封扣押的决定应及时书面告知当事人，并说明理由。
退还与处理
被扣押的物品，行政相对人有权要求退还。
行政机关在处理完查封扣押物品后，应根据具体情况作出相应的行政处理决定，如罚款、没收违法所得等。
监督与执行
执法监督或法制机构负责监督查封扣押物品的管理和处理工作，确保程序合法合规。
法律依据
《行政强制法》第二十五条第一款规定：查封、扣押的期限不得超过三十日；情况复杂的，经行政机关负责人批准，可以延长，但是延长期限不得超过三十日。法律、行政法规另有规定的除外。
《中华人民共和国药品管理法》第一百条第二款规定：对有证据证明可能危害人体健康的药品及其有关材料，药品监督管理部门可以查封、扣押，并在七日内作出行政处理决定；药品需要检验的，应当自检验报告书发出之日起十五日内作出行政处理决定。
综上所述，食品药品扣押程序是一个严格依法进行的流程，涉及多个环节和部门的协作，确保行政行为的合法性和有效性。建议在实际操作中，严格按照相关法律规定执行，保障当事人的合法权益。