甲方清退乙方的程序通常包括以下几个步骤：
发出清退通知
甲方应提前向乙方发出书面清退通知，明确清退的原因、依据以及要求乙方办理的事项和时间安排。
核实工程量
双方应对现场工程量进行核实，并签字确认，以确保清退过程的公正性和透明度。
款项结算
甲方应按照原合同及协议的规定，计算并支付乙方已完成工程量的款项。乙方在收到全部款项后，应向甲方出具收款凭证。
资产清算与移交
乙方应清理园区内的所有资产，包括但不限于固定资产、办公设备、库存物品等，并确保在清退过程中配合甲方进行资产的清算和核对，确保无遗漏。双方应共同确认资产移交清单，确保无争议。
工作交接
乙方应在规定时间内完成人员、设备等的撤离工作，并办理工作交接手续，包括交还工具设备等。
监督与协助
甲方将派专人对乙方清退进程进行监督，确保清退工作按照协议执行。乙方应配合甲方的工作，并提供必要的协助。
违约责任
如果乙方未能按照合同规定的时间完成清退工作，应承担相应的违约责任，并赔偿甲方因此造成的损失。
法律程序
在清退过程中，双方应遵守《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，确保清退程序的合法性和有效性。如有争议，可通过协商、仲裁或诉讼等方式解决。
建议甲方在清退乙方时，严格按照上述程序进行操作，并在整个过程中保持与乙方的充分沟通，以减少不必要的纠纷。