流动党员清退程序主要包括以下几个步骤：
发现与通报
流入地（单位）基层党组织发现流动党员有不符合党员条件的行为时，应向流动党员组织关系所在党支部及其上一级基层党委书面通报有关情况，并提出启动组织处置的建议。
调查与核实
党支部需查清流动党员脱党的事实及原因，并向支部党员大会报告调查结果。
申辩与讨论
流动党员有权进行申辩，支部党员大会应讨论并决定其是否应当退党。
决定与备案
支部党员大会讨论通过后，应宣布流动党员除名，并报上级党委备案。
执行与通报
对流动党员的组织处置结果，流动党员组织关系所在党支部应向流入地（单位）基层党组织通报。
这些步骤旨在确保流动党员的清退过程公正、透明，并严格按照党的纪律和规定执行。