财政查账检查程序主要包括以下几个步骤：
组成检查组并指定组长
财政部门组织开展财政检查时，应当组成检查组，并指定检查组组长。检查组实行组长负责制，检查人员由财政部门工作人员组成。
送达检查通知书
财政部门一般应于3个工作日前向被检查人送达财政检查通知书。如果认为在3个工作日前送达检查通知书对检查工作有不利影响，经财政部门负责人批准，检查通知书可以在实施财政检查前适当时间下达。
出示证件并说明检查要求
实施财政检查时，检查人员不得少于两人，并应当向被检查人出示证件。检查人员应当向被检查人说明检查工作要求和工作纪律，要求被检查人积极配合检查工作并对检查人员的工作纪律进行监督。
实施检查方法
检查人员可以运用查账、盘点、询问、查询及函证、计算、分析性复核等方法开展检查工作。
记录和摘录检查内容
检查人员在检查中应当将检查内容与事项予以记录和摘录，编制财政检查工作底稿，并由被检查人签字或者盖章。
询问和核实情况
检查人员可以向被检查人询问有关情况，被检查人应当予以配合，如实回答询问、反映情况。询问应当制作笔录，并由被检查人签字或盖章。未取得提供者签名或盖章的材料，检查人员应当注明原因。
监督和质量控制
检查组组长应当对本组其他检查人员的工作质量进行监督，并对有关事项进行必要的审查和复核。
重大问题请示汇报
检查组在实施检查中，遇到重大问题应当及时向财政部门请示汇报。
终止复核和采取必要措施
如果检查的有关事项事实不清、证据不充分的，终止复核，通知检查组予以说明并负责核实、补正，或经批准另行调查、取证。如果认定依据不准确，拟作出的财政检查决定不当的，予以指出并提出修正意见。如果检查未履行法定程序的，经向财政部门领导报告并批准，须采取必要措施弥补。
签署意见和复核通过
复核认定财政检查报告及其拟作出的财政检查决定书事实清楚、证据充分、依据准确、程序合法的，签署意见，复核通过。
这些程序旨在确保财政检查的合法性、规范性和有效性，保障财政监督工作的顺利进行。