滴灌系统的操作程序可以分为初次使用、日常使用和操作规程三个部分，具体如下：
初次使用
打开支管、支管和所有毛管的堵头进行冲洗，时间约为10~15分钟。
冲洗完后关闭干管上的排水阀，然后关闭支管排水阀，封堵毛管尾端。
日常使用
缓慢启闭管道上的阀门，具体操作如下：
在水泵开车前，首先打开准备灌溉管道上的阀门，然后开动水泵，向灌水的支管道缓慢地充水，以防引起水锤。调整好工作压力，直到符合灌溉要求。
在管道停止运行时，为防止因阀门关闭过快而引起水锤破坏管道，要求缓慢关闭阀门。
操作规程
首先打开轮灌区控制阀门，使滴灌管（带）能够正常出水，在此基础上逐级打开上游阀门，以保证灌溉系统的安全。
严格控制灌溉系统的工作水头（及工作压力），不可过高或过低，否则将造成管路破坏或影响灌溉质量。
灌溉要按计划轮灌区进行，在前后轮灌区切换时，阀门开关应先开后关。
作物需施肥时，将肥料装入施肥罐，之后封闭罐盖；打开供肥阀门，再打开进水阀门；然后关小支管阀门，使阀门前、后的输水管道的压力产生压差，从而使施肥料进入输水管道中，给作物施肥。
关闭系统时，首先关闭水泵等动力系统，然后逐级关闭各级阀门。开关阀门时应缓慢转动，演进速度过快，防止管道内产生水锤现象，损坏管道和机泵。
建议在实际应用中，严格按照上述操作程序进行，以确保滴灌系统的正常运行和延长使用寿命。