检察院在决定是否批捕犯罪嫌疑人时，遵循以下程序：
受理
公安机关在认为需要对犯罪嫌疑人进行逮捕时，需制作《提请批准逮捕书》，并连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查批准。
审查案卷材料
人民检察院在接到公安机关的报捕材料后，指定专人进行审查，审查内容包括案卷材料是否齐全、法律手续是否完备，并提出是否批准逮捕的意见。
作出决定
检察人员在审查案件后，根据事实和法律，提出批准逮捕或不批准逮捕的意见。对于重大案件，需经部门负责人审核，并报请检察长或检察委员会讨论决定。最终作出《批准逮捕决定书》或《不批准逮捕决定书》。
通知公安机关
人民检察院作出批准逮捕决定后，将案卷材料送达公安机关执行，并制作继续侦查提纲送交公安机关。对于不批准逮捕的决定，需说明理由，若需要补充侦查，则同时通知公安机关。
释放与继续侦查
人民检察院不批准逮捕的，公安机关应当在接到通知后立即释放犯罪嫌疑人，并将执行情况及时通知人民检察院。若需要继续侦查且符合取保候审或监视居住条件，可依法取保候审或监视居住。
复议与复核
公安机关对人民检察院不批准逮捕的决定有异议时，可要求复议，但必须立即释放被拘留的人。若复议意见不被接受，可向上一级人民检察院提请复核，上级人民检察院应作出是否变更的决定。
总结：
检察院在批捕犯罪嫌疑人时，需经过受理、审查案卷材料、作出决定、通知公安机关、释放与继续侦查以及复议与复核等程序。整个流程旨在确保司法公正，保护犯罪嫌疑人的合法权益，并有效打击犯罪。