口岸联合检查程序主要包括以下几个步骤：
预先通知与准备
船舶到港或离港前，港务监督会预先通知各检查单位，各单位接到通知后需派定检查人员，并做好检查准备，准时进行检查。
检疫与检查
进口船舶到达检疫锚地后，检疫人员登船进行检疫。检疫完毕后，通知船方降落检疫信号，由引水员引领进港。如发现染疫或染疫嫌疑，检疫信号不落，留在检疫锚地或通知引水员引领至港内适当锚地进行卫生处理。
检疫完毕后，港务监督派员登船查封禁用物品，边防检查站派员进行监护。
检查分工与协作
实施进出口联合检查前，各单位检查人员可事前会商如何密切配合，以提高工作效率，缩短检查时间。
各单位所需船方填报的表报清单，分别向船方收取。
港务监督检查船舶文书及有关船舶航行安全事项；海关和边防检查站对船舶、船员进行检查，船员在一处或二处接受查验船员证件，同时检查船上各处有无隐藏人员。
检查内容
海事部门主要检查船舶和船员的证书文书、消防救生设备、防污染设备以及船舶保安等项目。
海关主要检查货物、船员物品、健康状况和船上卫生等。
边检主要检查船员出入境证件、船员上下船、违禁物品等。
检查结果与手续
各口岸查验单位根据检查情况分别出具相关文书，办理相关手续，顺利完成联合登临检查任务，保障船舶第一时间获得通关放行。
特殊情况处理
如有必要，各单位可提前进行线上查验，如发现船舶有安全和防污染方面的缺陷，再登轮核查。
通过以上步骤，口岸联合检查程序确保了船舶和人员的安全与合规性，同时提高了检查效率，防止疾病和有害物质的跨境传播，保障了国际贸易和交通运输的顺畅进行。