船舶边防检查程序主要分为入境预检和入境正式检查两个阶段。
入境预检
工作程序：
船舶负责人或其代理人在船舶入境靠泊4小时之前，通过因特网向边检站提出船舶入境预检申请。
边检站根据申请及提交的预报资料确定出入境正式检查方式，对符合预检条件的船舶办理预检手续，并通知船方或其代理人。
提交单证：
总申报单
船员名单
旅客名单（如无旅客则无需提供）
交通运输工具自备枪支（弹药）申报表（如已在总申报单中注明，则无需提供）。
入境正式检查（窗口办理）
工作程序：
船舶靠泊后，船舶代理人员应及时携带相关单证到边检站办理正式检查手续。
边检站根据申请签发船员登陆证。
提交单证：
总申报单
船员物品申报单
船员名单
旅客名单（如有）
船员和旅客的有效国际旅行证件
船长签字盖章的船员登陆申请表
运输工具自备枪支（弹药）申报表（如船舶已在总申报单中注明，则无需填写）。
总结：
船舶边防检查程序包括入境预检和入境正式检查两个阶段，分别涉及不同的申请、提交单证和检查流程。预检旨在提前确认船舶及其人员的合法性，正式检查则是在船舶抵港后依法进行的全面检查，包括船员和旅客的证件检查及物品的申报等。