证监会受理案件程序主要分为以下几个步骤：
受理
证监会稽查证券、期货违法违规案件的程序根据《中华人民共和国行政处罚法》及有关法律法规的规定，证监会对涉嫌违反证券、期货法律、法规行为的稽查按以下程序进行：
证监会各业务部、室负责本部、室主管业务范围内的证券、期货违法违规行为（未立案者）的调查处理工作。
证监会稽查局（以下简称稽查局）负责组织对重大证券、期货案件，涉及几个部、室的综合性案件和跨省、跨部门综合性案件以及证监会领导交办的证券、期货案件的调查工作。
稽查局还可根据有关规定，将部分案件转交地方证券、期货监管部门调查处理。
任何单位和个人对证券、期货违法违规行为的控告和检举，证监会都予以受理。
证监会各部、室对于举报或外单位转来的材料以及日常监管中发现的问题，应迅速进行审查或初期调查。
经审查或初期调查认为需要立案查处的，应当填写立案建议表，同时附上相关材料（检举材料、控告材料等）报分管副主席批准后，由稽查局立案组织调查。
对已立案的证券、期货案件，因情节严重，需要采取紧急措施的，经证监会主席或主席授权副主席批准，可依法暂停被调查人从事证券、期货活动或依法采取其他措施。
立案
初步调查之后符合立案条件的，稽查局向涉案单位下发《调查通知书》并在证监会网站上发布立案调查公告。
立案之后可能出现三种结果，一是内部销案，二是行政处罚，三是移送刑事诉讼程序。
行政处罚决定由证监会的行政处罚委员会作出（目前该权力也下放到各地证监局，可自行作出行政处罚决定），行政处罚委员会委员由中国证监会的工作人员和证券、期货交易所等其他机构的专家组成，由中国证监会聘任，实行“主审—合议”的案件审理制度，行政处罚案件由1名委员主审，2名委员合议。
行政处罚委根据稽查部门的调查结果，作出行政处罚事先告知书，送达涉案单位及个人后，涉案单位及个人可以在3日内陈述、申辩、举证，并可以提出听证申请，最后，作出行政处罚决定书。
审核与反馈
证监会并购重组审核流程：
受理：中国证监会受理部门根据相关规则的要求，依法受理上市公司并购重组行政许可申请文件，并按程序转上市公司监管部。
初审：上市公司监管部并购监管处室根据申请项目具体情况、公务回避的有关要求以及审核人员的工作量等确定审核人员。并购重组审核实行双人审核制度，审核人员从法律和财务两个角度对申报材料进行审阅，撰写预审报告。
反馈专题会：反馈专题会主要讨论初审中关注的主要问题、拟反馈意见及其他需要会议讨论的事项，通过集体决策方式确定反馈意见及其他审核意见。反馈专题会后，审核人员根据会议讨论结果修改反馈意见，履行内部签批程序后将反馈意见按程序转受理部门告知、送达申请人。
作出决定：自受理材料至反馈意见发出期间为静默期，审核人员不接受申请人来访等其他任何形式的沟通交流。反馈意见发出后，上市公司及其中介机构需在规定时间内回复反馈意见，之后可能需要进行多次反馈和回复，直到问题解决。最终，审核人员根据审核结果决定是否召开并购重组委工作会议。
行政复议及行政诉讼
涉案单位及个人收到行政处罚决定书后，如不服，可以在60日内向证监会法律部提起行政复议，也可以不经复议，在六个月内直接向法院提起行政诉讼。
特别代表人诉讼
相关人民法院依法受理投资者的起诉并适用普通代表人诉讼程序审理，是对投资者权益的有力保护，证监会予以支持。证券纠纷特别代表人诉讼是《证券法》规定的保护投资者的重要法律手段，并赋予了投资者保护机构接受投资者委托参加诉讼的法律职能。
这些程序确保了证监会对违法违规行为的调查、立案、处罚等工作的规范性和透明度，保护了投资者和其他市场参与者的合法权益。