耕地建房拆除的程序主要包括以下几个步骤：
调查取证
由城乡规划局或相关主管部门对占用耕地的违法建筑进行调查取证，包括影像资料、询问笔录、人证言等证据。
调查违建当事人的基本情况，如姓名、性别、年龄、职业、家庭人口状况、主要经济来源等。
现场勘验记录违法建筑的位置、面积、结构、修建时间等。
调取相关规划文件，确定建筑是否违反城乡规划。
认定违法建筑
规划部门根据调查结果和相关法律法规，对涉案房屋作出是否属于违法建筑的认定。
作出责令限期拆除决定
对于违反城乡规划的建筑，作出《责令限期拆除违法建筑决定书》。
当事人逾期未自行拆除的，相关部门将组织实施拆除行为。
公告与催告
作出决定后，相关部门需公告拆除决定，并通知当事人。
给予当事人一定期限自行拆除，逾期未拆除的，进行催告，要求履行拆除义务。
强制拆除
催告期结束后，若当事人仍未自行拆除，执法机关将制作强制拆除决定书并送达。
实施强制拆除前，进行公告，确保当事人的知情权。
最后，由执法机关组织实施强制拆除。
法律途径
当事人对责令限期拆除决定不服的，可以申请复议或提起诉讼。
若在执法过程中存在违法行为，当事人可以要求赔偿。
后续处理
拆除后，应依规进行土地复垦，防止耕地抛荒，并可能要求违法建筑者承担相关费用。
建议：
当事人应尽早配合相关部门的调查，了解自身权利，避免不必要的法律后果。
若决定拆除，应尽快自行拆除，以免面临更严厉的处罚。