甘肃房屋自建程序如下：
提出申请
-建房户向村委会提出书面申请，并提供户口身份证明、原住宅权利证书、建房履约保证书、建房通用图集（或经批准的设计方案）等。
村级审查
-村委会审查建房户的主体资格、原住宅处置、建房方案等，经集体讨论同意后进行公示，公示7天。期满无异议的，村委会签署意见，组织材料上报乡镇（街道）。
审批发证
-乡镇（街道）初审通过后，会同国土所和测绘、地灾评价单位踏勘选址确认，对建房资格、原住宅处置、规划选址、地灾防治措施进行审查。通过后由区政府委托乡镇（街道）审核，颁发《建设用地规划许可证》、《建设工程规划许可证》（或《乡村建设规划许可证》）和《建设用地批准书》。
定点放样
-建房户与持有《培训合格证书》的建筑工匠或建筑施工企业签订施工合同、安全责任书，向村委会缴纳履约保证金。经村委会鉴证后报乡镇（街道）和住建部门备案，并申请定点放样。乡镇（街道）会同国土所对原住宅拆除或处置、权利证书注销或变更结果、邻里纠纷等情况进行确认，通过后和测绘单位到现场进行定点放样。
砌基验收
-挖槽砌基时，村委会应当现场监督，及时报告。
施工过程
-施工方需按照施工基本程序进行每道工序的自检、互检、交接检，每道工序自检合格后赶写工序自检数据检验批报验资料，经现场监理验收合格后签字认可，方可进行下道工序的施工。若质量不合格需进行整改，直致返工处理达到规范设计要求。如出现质量事故应先查明原因，保护第一现场，拍摄形象资料，返监理；监理逐级上报业主及质量监督站，根据事故大小同施工方给出整改方案，经有关方面（设计、地勘、质量监督、业主、监理或其他权威部门）认可，方可执行。
竣工验收
-建房完成后，建房户需向相关部门申请竣工验收。验收合格后，可以领取房产证。
建议：
在整个自建过程中，建议与相关部门保持良好沟通，确保每一步骤都符合规定，避免因手续不全或不符合规定而导致审批失败。
严格按照相关规定和程序进行施工，确保房屋质量。