单位犯罪的程序是指司法机关依法追究公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会行为的刑事责任的特殊诉讼程序。具体程序包括以下几个方面：
管辖
犯罪地为主，居住地为辅。
被告单位登记的住所地为其居住地。
主要营业地或者主要办理机构所在地与登记的住所地不一致的，主要营业地或者主要办理机构所在地为其居住地。
庭前审查
除了应审查一般事项外，还应审查被告单位的相关情况。
需要检察院补充材料的，应当通知检察院在3日内补送。
诉讼代表人确定
应当是法定代表人或者主要负责人。
法定代表人或者主要负责人被指控为单位犯罪直接负责的主管人员或者因客观原因无法出庭的，应当由被告单位委托其他负责人或者职工作为诉讼代表人。但是，有关人员被指控为单位犯罪的其他直接责任人员或者知道案件情况、负有作证义务的除外。
诉讼代表人出庭
开庭审理单位犯罪案件，应当通知被告单位的诉讼代表人出庭。
没有诉讼代表人参与诉讼的，应当要求检察院确定。
被告单位的诉讼代表人不出庭的，应当按照下列情形分别处理：
诉讼代表人系被告单位的法定代表人或者主要负责人，无正当理由拒不出庭的，可以拘传其到庭。
因客观原因无法出庭，或者下落不明的，应当要求检察院另行确定诉讼代表人。
诉讼代表人系被告单位的其他人员的，应当要求检察院另行确定诉讼代表人出庭。
诉讼代表人权利
适用有关被告人的权利。
补充起诉
对应当认定为单位犯罪的案件，检察院只作为自然人犯罪起诉的，法院应当建议检察院对犯罪单位补充起诉。
涉案财物的处理
被告单位的违法所得及其孳息，尚未被依法追缴或者查封、扣押、冻结的，人民法院应当决定追缴或者查封、扣押、冻结。
判决
单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。
本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。
这些程序旨在确保单位犯罪案件能够得到公正、有效的审理，同时依法追究单位及其相关责任人员的刑事责任。