在编程钻法兰三个孔时，需要遵循以下步骤：
确定孔的位置和大小
根据法兰孔的位置设置工件坐标系，通常采用G54-G59等工件坐标系。
设置加工参数
在程序开头，设置进给速度、主轴转速、冷却液喷射等参数，具体需要根据材料和孔径进行调整。
定位钻头
使用G71或G81等深度钻孔指令，将钻头定位到法兰孔的中心。
设置钻孔深度和孔径
使用G90或G91等绝对或相对编程方式，根据需要进行孔的钻深，一般需要设置钻孔深度和孔径。
冷却和停止指令
在每次孔钻完毕后，使用M08或M09等停止或打开冷却液指令。
移动钻头
使用G00等快速移动指令将钻头移至下一个孔位，重复以上操作即可。
结束程序
在程序结尾，使用M30或M02等停止程序指令。
示例程序结构
```plaintext
； 设置工件坐标系
G54
； 设置进给速度、主轴转速、冷却液喷射等参数
M03 S1000 F50
； 定位钻头到第一个孔中心
G71 Z-10.0 H0.0 F100
； 钻第一个孔
G90 Z-15.0 F100
； 停止冷却液
M09
； 移动钻头到第二个孔中心
G00 X100.0 Y0.0
； 定位钻头到第二个孔中心
G71 Z-10.0 H0.0 F100
； 钻第二个孔
G90 Z-15.0 F100
； 停止冷却液
M09
； 移动钻头到第三个孔中心
G00 X200.0 Y0.0
； 定位钻头到第三个孔中心
G71 Z-10.0 H0.0 F100
； 钻第三个孔
G90 Z-15.0 F100
； 停止冷却液
M09
； 结束程序
M30
```
注意事项
程序中要考虑到钻孔时的切削力、散热等因素，必要时还需要加入刀具台切换、切割油液喷射和冷却等指令。
在编写程序后，需要进行校对，以确保程序正确无误。可以使用模拟软件或在实际机床上进行校对。
在加工过程中需要监控钻头的状态和加工质量，及时调整参数或更换钻头。
通过以上步骤和示例程序，可以实现法兰三个孔的编程和加工。