海员的投诉程序主要包括以下几个方面：
向船上的部门负责人或船长投诉
海员可以对不符合《海事劳工公约》和其他相关国际公约、船旗国法规、集体协议、《海员上船聘用协议》等规定的行为进行投诉。
海员可以向本部门负责人（部门长）或船长进行口头投诉。部门长接到海员投诉应尽快给予答复，如海员对投诉的答复不满意，该海员可以进而向船长投诉，船长应亲自处理并在接到海员投诉24小时内给予答复。
向公司人事部投诉
如果投诉不能在船上得到协商解决，海员可以向公司人事部投诉，人事部应在三个工作日内给予书面答复，适宜时，与有关海员或可能被他们指定为代表的人协商。
向适当的外部当局投诉
海员有权直接向船长或在其认为必要时向适当的外部当局投诉，这些当局可以是船东、船旗国、海员居住国或港口国的主管当局。
向经授权的认可组织登轮检查员提出投诉
船员可以向经授权的认可组织登轮检查员提出投诉，但投诉必须采取书面形式。
选择陪同或代表投诉的人员
海员有权选择同船的另一名海员陪同或代表其投诉，该指定人员应能参与该投诉事项的任何会议或听证。
向海事管理机构投诉
在中国境内港口停泊的中国籍海船、外国籍船舶在船船员，对于违反《2006年海事劳工公约》损害船员利益的行为，可以向海事管理机构进行投诉。船员可通过现场、网络或其他方式向海事管理机构进行投诉，填写并提交相应的投诉表格。
向劳动局或海事局投诉
海员可以向当地劳动局或海事局投诉，这些部门可以对船东实施调查和解决，保证海员的权益得到保障。在投诉时，海员应该提供相关证据，包含工资单、船舶合同等。
向法院提起诉讼
如果劳动局或海事局的解决结果仍然无法解决疑问，海员可以向相关法院提起诉讼。在诉讼期间，海员需要提供充足的证据证明船东拖欠工资的事实，同时也需要提供合法证明身份的文件。
向劳动仲裁机构申请仲裁
船员还可以通过劳动仲裁的方式来维护自己的合法权益，向劳动仲裁机构提起仲裁申请，要求用人单位支付拖欠的工资及相应的赔偿。
向相关主管部门投诉
船员可以向船员所在的船公司或用人单位的上级主管部门反映情况，要求其督促支付工资。此外，船员还可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门会依法对用人单位进行调查和处理，督促其支付拖欠的工资。
综上所述，海员的投诉程序涵盖了从向船长或部门负责人投诉到向外部当局和法院提起诉讼的多种途径，确保海员在遇到问题时能够获得公正的处理和及时的反馈。建议海员在投诉时保留好相关证据，并按照规定的程序进行操作，以便更好地维护自己的合法权益。