多基线设计的程序主要包括以下几个步骤：
明确研究目标和情况
确定至少三个相互独立、功能相似的情况（如被试、行为、情境）。
定义因变量和干预方法
对因变量及其测量给出操作性定义。
对干预方法给出操作性定义。
建立基线期并收集数据
在三种情况下同时开始基线期并收集数据，直到行为表现趋于稳定。
逐步引入干预
对情况1开始进行干预，直到行为表现趋于稳定，此阶段需要继续收集情况2和情况3的基线期数据。
对情况2开始进行干预，直到行为表现趋于稳定，此阶段需要继续收集情况1的干预期数据及情况3的基线期数据。
对情况3开始干预，此阶段需要继续收集情况1和情况2的干预期数据。
评估干预效果
如果仅当引入自变量时因变量才发生改变，那么就证明存在功能关系。
多基线设计的类型
多基线设计可以分为以下三种类型：
多重对象设计
跨越不同患者或实验对象（即受训练者）的基线设计。
多重行为设计
跨越不同目标行为的多基线设计。
多重条件设计
跨越不同实验条件的基线设计。
注意事项
在应用和实施过程中，务必明确界定好终点行为，以确定实施行为改变方案的努力方向。
同时建立和测量两项或两项以上的行为基线，等所有的基线都保持稳定或是达到可以接受的倾向后，方可对第一位对象开始施加处理条件。
通过以上步骤和注意事项，可以有效地实施多基线设计，从而确保实验结果的可靠性和有效性。