个人小程序由于其性质和平台规定，存在以下限制：
类目限制
涉及金融、电商、社区、教育等需要高级别资质和审核的类目，个人小程序无法触及。
支付功能限制
个人小程序无法使用微信支付功能，用户无法直接在小程序内进行购物和支付。若需提供付费服务或销售商品，需引导用户跳转到其他平台完成支付，影响用户体验。
数据分析限制
个人小程序的数据分析能力较弱，无法使用高级功能如用户画像、转化率追踪等，难以深入了解用户行为和偏好，优化运营策略。
数量限制
每个个人用户只能创建一个个人小程序，无法创建多个小程序来探索不同业务领域或测试不同功能。每个小程序只能关联一个微信公众号，限制推广和品牌建设。
审核严格
个人小程序需要通过微信小程序官方审核，审核难度较大，包括代码、功能、用户体验等方面，不符合要求的小程序可能会被拒绝发布或下架。
营销推广限制
个人小程序不允许进行营销类推广，例如个人小程序无法通过三级分销模式进行推广，诱导个人代理商相信可以通过自建小程序实现盈利的做法存在诸多问题。
收益结算限制
个人开发者无法像企业那样通过推广裂变会员服务来扩大收益规模，即使能开通腾讯流量主功能获得广告收益，也只能由个人享有，无法进行利润分配。
服务器和SaaS系统挑战
个人开发者通常使用集体服务器，存在安全隐患，且数据安全和用户隐私无法得到保障。
功能接口限制
个人小程序无法使用微信支付接口、获取用户绑定微信的手机号、使用“附近的小程序”功能等。
其他限制
个人小程序无法进行直播、参加微信官方活动等，且需要支付30元/年的认证费及小程序强制备案。
综上所述，个人小程序在功能、推广、收益结算等方面存在诸多限制，使其在商业应用上较为受限。建议个人开发者在选择是否使用小程序时，充分了解这些限制，并考虑是否适合自身的业务需求和运营策略。