劳动检察立案程序主要包括以下几个步骤：
登记立案
对发现的违法行为，经过审查，认为有违法事实且需要依法追究的，应当登记立案。
登记立案应当填写立案审批表，报劳动监察机构负责人审查批准。劳动监察机构负责人批准之日为立案起始时间。
调查取证
对已立案的案件，应当及时组织调查取证。
调查取证应自立案之日起60个工作日内完成，情况复杂的，经劳动保障行政部门负责人批准，可以延长30个工作日。
调查取证应当全面、客观、公正地收集有关证据，包括书证、物证、视听资料、证人证言、当事人的陈述、鉴定结论、勘验笔录、现场笔录等。
处理
在调查取证后，对需要追究法律责任的案件，劳动行政主管部门应当作出处理决定。处理决定作出前，劳动行政主管部门应当听取当事人申辩。
根据调查、检查的结果，作出以下处理：
对依法应当受到行政处罚的，依法作出行政处罚决定。
对应当改正未改正的，依法责令改正或者作出相应的行政处理决定。
对情节轻微，且已改正的，或者经调查、检查，劳动保障行政部门认定违法事实不能成立的，撤销立案。
制作处理决定书
劳动行政主管部门作出处理决定，应当制作处理决定书。
在7个工作日内将处理处罚决定送达被举报（投诉）单位。
送达
在调查完成后15个工作日内作出处理、处罚、撤案、移送等决定，并送达当事人。
总结：
劳动检察立案程序包括登记立案、调查取证、处理、制作处理决定书和送达等步骤。整个流程要求及时、公正、客观地调查取证，并在法定时间内作出处理决定，确保违法行为得到及时追究和处理。