公司发工资的程序通常包括以下几个步骤：
确定工资支付周期和发放日期
公司需要确定工资支付的周期（如每月一次）和具体的发放日期（如月底或月初）。
核算工资总额
根据员工的考勤记录、绩效考核等因素，核算每个员工的工资总额。
计算工资时包括基本工资、绩效奖金、津贴等项目，并扣除社保、公积金、个人所得税等费用。
制作工资表
制作工资表，详细列出每个员工的姓名、工号、应发工资项目（基本工资、绩效奖金等）、扣除项目（社保、个税等）以及实发工资等信息。
准备发放工资所需的资料
准备工资单、银行转账凭证、员工银行账户信息等资料。
如果公司选择通过银行代发工资，需要将代发数据（包括电子版和纸质）交给银行。
发放工资
通过银行转账、现金支付等方式将工资发放到员工指定的银行账户。
在发放工资前，务必确认员工姓名、银行账号、开户银行等信息的准确性，以免造成转账错误或延误。
发放工资条
向员工发放工资条，告知员工工资的具体数额和构成，以及相关扣款和个税等信息。
记录工资支出
及时记录工资支出的情况，包括员工姓名、工资数额、发放日期等信息，并保留相关凭证和记录。
税务申报
根据相关法律法规，企业需要代扣代缴个人所得税，并及时完成税务申报。
保存相关凭证和记录
妥善保存工资支付的相关凭证，如工资表、银行转账记录等，以便税务等部门检查。
遵守法律法规
在整个发工资的过程中，企业必须遵守《中华人民共和国劳动法》、《中华人民共和国劳动合同法》以及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，确保工资的及时足额支付，维护员工的合法权益。
通过以上步骤，公司可以确保工资发放的合法性和规范性，同时保障员工的权益。