工程阻工索赔程序通常包括以下几个步骤：
提出索赔要求
当出现索赔事项时，索赔方应在索赔事项发生后的28天内以书面信件正式发出索赔通知书，声明索赔权利。如果逾期再报，其索赔要求可能遭到拒绝。
报送索赔资料和索赔报告
在正式提出索赔要求以后，索赔方应抓紧时间准备索赔资料，编写索赔报告，并在下一个28天以内正式提交索赔报告。如果索赔事项的影响是持续存在的，事态还在发展，则每隔28天报送一次补充资料。最后在索赔事项结束后的28天以内报送最终索赔报告，提出具体的索赔款额或工期延长天数。
协商解决索赔问题
协商是指合同双方在自愿、互让互谅的基础上，按照工程项目的合同文件，通过友好谈判解决工程中产生的索赔问题，因此也被称为协商谈判。
调解
当双方不能通过友好协商解决索赔问题时，可以按照施工合同专用条款的规定，请有关部门进行调解。调解人可以是双方都信任的个人（工程技术专家、律师、估价师等），也可以是一个专门的组织（工程咨询或监理公司、工程管理公司、索赔争端评审组、合同争端评委会等等），调解人按照政策、法规及施工合同的规定，在划分各方责任的基础上提出解决方案。如果双方同意调解方案并签字，那么调解完成。
诉讼
在双方和解不成，又没有仲裁协议的情况下，一方的当事人可以向有管辖权的法院提起诉讼。通过上述分析知道，依据《民法典》的规定，阻碍施工单位施工造成施工单位损失的，由阻碍施工一方赔偿，一般是依据实际造成的损失赔偿，如停工、窝工、倒运、机械设备调迁、材料和构件积压等损失和实际费用。
建议在实际工程中，相关当事人应当严格按照上述程序进行索赔，以确保自身权益得到合理维护。同时，建议在遇到索赔问题时，尽早与对方进行沟通，争取通过协商解决，以减少不必要的法律纠纷。