侦查人员询问程序主要包括以下几个步骤：
讯问主体
讯问犯罪嫌疑人必须由人民检察院或者公安机关的侦查人员负责进行，且侦查人员不得少于二人。
讯问地点
犯罪嫌疑人被送交看守所羁押以后，侦查人员应当在看守所内进行讯问。
对于不需要逮捕、拘留的犯罪嫌疑人，可以传唤到犯罪嫌疑人所在市、县内的指定地点或者到他的住处进行讯问，但必须出示公安机关或者人民检察院的证明文件。
讯问时间
传唤、拘传持续的时间最长不得超过12小时；案情重大、复杂，需要采取拘留、逮捕措施的，传唤、拘传时间不得超过24小时。
对于已经被拘留或者逮捕的犯罪嫌疑人，应当在拘留或者逮捕后的24小时以内讯问，在发现不应当拘留或者逮捕的时候，必须立即释放。
讯问步骤
侦查人员在讯问犯罪嫌疑人的时候，应当首先讯问犯罪嫌疑人是否有犯罪行为，让他陈述有罪的情节或者无罪的辩解，然后向他提出问题。
犯罪嫌疑人对侦查人员的提问，应当如实回答。但是对与本案无关的问题，有拒绝回答的权利。
侦查人员在讯问犯罪嫌疑人的时候，应当告知犯罪嫌疑人享有的诉讼权利，如实供述自己罪行可以从宽处理和认罪认罚的法律规定。
讯问犯罪嫌疑人应当制作讯问笔录，笔录应当如实记载提问、回答和其他在场人的情况。
讯问过程中，严禁刑讯逼供，也不准诱供、骗供、指名问供。对于实行刑讯逼供的人，犯罪嫌疑人有权提出控告；构成犯罪的，应当依法追究其刑事责任。
特殊程序
询问聋、哑的犯罪嫌疑人，应当有通晓聋、哑手势的人参加，并且将这种情况记入笔录。
询问未成年的犯罪嫌疑人，可以通知其法定代理人到场。如果犯罪嫌疑人不通晓当地通用的语言文字，应当为其翻译。
这些程序旨在确保讯问的合法性、公正性和有效性，保障犯罪嫌疑人的合法权益。