复杂案件的归档程序通常包括以下步骤：
编制移交案卷目录或归档文件目录
移交案卷目录或归档文件目录是机关文件处理部门编制的应向机关档案室移交档案文件的名册。
该目录的作用是揭示应移交档案文件的内容和成分，统计案卷或文件的数量。
编制移交案卷目录或归档文件目录要一式三份，待履行完归档手续、机关档案室填入档号后，机关文书部门、移交部门和机关档案室各存一份备查。
撰写立卷或组件说明
立卷或组件说明是总结和介绍本年度机关立卷或组件工作、档案文件和机关基本情况的专用文件。
该说明有助于理解案卷的内容和组成，便于档案管理和检索。
案卷装订
案卷装订一律使用棉线绳，三孔钉牢。
在线绳活结处需贴上律师事务所（法律顾问处）封签，并在骑缝线上加盖立卷人的姓名章。
归档时间
律师业务文书材料应在结案或事务办结后三个月内整理立卷。
装订成册后由承办人根据司法部、国家档案局制定的《律师业务档案管理办法》的有关规定提出保管期限，经律师事务所（法律顾问处）主任审阅盖章后，移交档案管理人员，并办理移交手续。
归档顺序
各类案件归档具体顺序为：刑事卷、民事卷、行政卷等，具体顺序需根据案件类型进行划分。
整理单位“件”的确定
根据文件材料的实际情况，确定每份文件的归档单位“件”。
“件”的装订
将文件材料按照一定的顺序和格式进行装订，确保文件完整、美观、易查。
划分保管期限
根据文件的重要性和使用频率，划分不同的保管期限，以便于档案的长期保存和有效利用。
归档文件的排列
将归档文件按照一定的顺序进行排列，便于查找和管理。
盖归档章和编号
在归档文件上加盖归档章，并填写统一的编号，便于档案的检索和管理。
建议：
复杂案件的归档程序可能因案件类型、机构性质等因素而有所不同，建议在实际操作中参照相关法规和标准，并结合实际情况进行具体操作。
档案管理人员应严格按照归档程序进行操作，确保档案的完整、准确、系统和安全。