项目审计的程序主要包括以下几个步骤：
资料收集与审前调查
收集项目基本情况报告、审批过程资料、财务报告、投资完成情况报表等资料。
对建设项目进行初步认识，评估审计工作量和工作重点，并据此调配审计资源。
审计准备
主审制定审计方案（表格式或文本式）。
草拟审计通知书，包括承诺书、提供资料清单、审计公示、廉洁反馈单等，并由分管局长签发。
审计实施
审计组按照审计通知书规定的时间开展审计工作，全面了解项目现状。
收集前期审批、工程施工管理、物资管理、合同结算、财务会计和相关内部控制方面的文件资料。
对收集到的资料进行认真阅读和分析，开展符合性测试和实质性测试程序。
检查并测试内部控制
对建设项目的内部控制制度进行健全性和执行情况的检查。
审计结果处理
主审对审计结果草拟审计报告征求意见稿，并将审计资料整理后送达科室负责人审核。
草拟的审计报告经分管局长审核后送达被审计单位征求意见。
主审负责填写审计报告反馈意见说明书，编写正式审计报告和审计决定。
科室负责人负责填写审计报告审核意见书，递交法制部门复核。
主审负责审计结果文书的送达及审计决定执行事项。
审计回访，确保审计决定得到执行。
审计终结
确立项目、成立审计小组，编制实施方案，进行立项前审计。
被审计单位提供所有竣工结算资料及财务资料。
审计小组提交审计报告，并征求被审计单位意见。
被审计单位在接到审计报告征求意见稿后提出书面意见。
审计机关出具审计意见书和作出审计决定并送达被审计单位。
审计决定书生效时间为送达之日，审计决定应在90日内执行完毕。
这些程序确保了项目审计的全面性和系统性，有助于发现项目中的问题并提出改进建议，从而提高项目的透明度和效率。