函证程序主要针对以下认定：
存在认定：
函证可以为应收账款、银行存款等账户余额的存在提供相关可靠的审计证据。
权利和义务认定：
函证能够确认被审计单位与第三方之间的某些往来款项、交易事项或其他重要信息，从而验证这些权利和义务的存在。
完整性认定：
虽然函证主要用于存在和权利义务的认定，但在某些情况下，如对应付账款的完整性获取审计证据时，函证也可以提供一定程度的证据。
需要注意的是，函证程序并不适用于所有认定，特别是计价和分摊认定（如坏账准备）和某些与金额的可回收性相关的认定，对于这些认定，函证的相关性较低。
综上所述，函证程序主要针对存在、权利和义务认定，并在某些情况下可以用于完整性认定。在选择是否实施函证程序时，注册会计师需要考虑被审计单位的具体情况、评估的重大错报风险以及所测试总体的特征等因素。