工程审计过后，一般会按照以下程序进行：
下达审计决定书或审计意见书
由公司/集团公司的审计人员根据审计报告反映的问题性质，下达审计决定书或审计意见书。
项目部整改并提交整改报告
项目部对审计决定书或审计意见书中提出的问题进行整改，并报送整改报告。
审核整改报告
公司/集团公司的审计部部长审核整改报告，确定是否需要开展后续审计。
建立后续审计台账
审计部职员根据整改报告描述，建立后续审计台账。
开展后续审计
审计部职员拟定计划，开展后续审计。
此外，工程审计结束后，审计组还需要向审计机关提出审计报告，并征求被审计单位的意见。被审计单位应在接到审计报告之日起十日内，将其书面意见送交审计组或审计机关。审计机关审定审计报告后，会出具审计意见书，并在法定职权范围内作出审计决定或向有关主管机关提出处理、处罚意见。审计决定自送达之日起生效。
建议项目部和审计部严格按照上述程序进行操作，确保审计工作的规范性和有效性。