破产公司清查程序主要包括以下几个步骤：
成立清算组
清算组通常由法院指定或由股东、债权人等相关人员组成，负责全面清查公司的财产等相关事务。
通知和公告债权人
清算组应在规定时间内通知已知债权人，并在国家企业信用信息公示系统公告，确保所有债权人了解清算情况。
债权申报和登记
债权人在规定时间内申报债权，清算组进行登记和核实，确保债权得到妥善处理。
清理公司财产
全面清理公司财产，包括固定资产、流动资产、无形资产等，并进行评估、登记造册等。
财务审计
对破产企业的财务状况进行一系列审计工作，包括公司注册登记情况、股东情况及股权比例情况、财务凭证及账册保存情况、历任法定代表人及财务人员责任的审计情况、现有职工情况、集资情况、保险情况、缴交税款情况等。
制定破产财产分配方案
由清算组提出破产财产分配方案，经过债权人讨论通过后，报告给法院裁定后执行。
处理破产财产
清算组把破产企业的非货币财产变现为货币财产，用于支付各种债务。变卖破产公司财产需要有债权人在场，确认之后才能进行拍卖操作。
分配公司财产
按照法定顺序分配财产，包括清算费用、职工债权、税款等，最后分配给股东。
注销公司登记
需要注销这个破产企业的工商局登记，并且请求法院终结破产程序，破产清算正式终结。
制作清算报告
清算组应制作清算报告，详细记录清算过程和结果，并报告给法院备案。
这些步骤确保了破产公司财产的合理处理和债权人权益的保护，同时遵循了《中华人民共和国企业破产法》等相关法律法规的规定。