部队党员转正程序一般包括以下步骤：
提出书面转正申请
预备党员应在预备期满前一周主动向所在党支部提出转为正式党员的书面申请。申请应实事求是，不掩盖缺点和不足，并应事先征求党内外群众的意见，特别是党小组长和入党介绍人的意见。
继续教育考察
在预备期间，预备党员应继续接受党组织的教育和考察。如预备党员工作、学习所在单位或居住地发生变动，应及时报告原所在党组织，原党组织应及时将其培养教育和考察的情况介绍给接收预备党员的党组织。
支部党员大会讨论
党小组提出意见：
党小组在预备党员预备期将满时，应适时讨论并提出预备党员能否转正的考察意见。
党支部征求意见：
党支部在讨论预备党员转正前，要广泛征求党内外群众的意见，全面了解预备党员的工作、学习、生活等方面的情况。
支部委员会审查：
支部委员会召开会议，根据预备党员本人的转正申请、党小组考察意见及党员群众意见，经综合研究、分析后，提出能否转为正式党员的考察建议，并提交支部大会讨论。
支部公示：
支部大会召开前，党支部要将预备党员转正情况进行公示，公示期不少于7天。
召开支部大会：
预备党员转正必须经支部大会讨论通过。会议主要程序包括：申请转正的预备党员汇报自己在预备期间的表现，肯定成绩和进步，找出缺点和不足，表明自己的态度和决心；入党介绍人介绍预备党员在预备期间的表现情况和意见；支部委员会介绍对预备党员的教育考察情况，提出能否转为正式党员的意见；支部大会进行讨论，与会党员充分发表意见，并采取无记名投票的方式进行表决，作出决议。
基层党（工）委审批
党支部召开支部大会讨论通过预备党员转正后，应及时形成预备党员转正的决议，连同入党材料一并报送上级党（工）委审批。党（工）委对党支部上报的预备党员转正的决议，应当在三个月内完成审批，审批结果要以书面形式通知党支部。
入党材料归档
预备党员转正后，党支部应当及时将《入党志愿书》、入党申请书、思想汇报、培训结业证书、政治审查材料、转正申请书和《培养考察写实簿》等材料交党（工）委存入本人党员档案。
以上是部队党员转正的一般程序，具体操作过程中可能会有所不同，建议以所在部队的具体规定为准。