变更税务机关需要遵循以下程序：
准备工作
检查所需文件，包括组织机构代码证、营业执照、税务登记证、统一社会信用代码等。
在线申请
登录当地电子税务局，填写税务变更申请信息，并上传相关资料的电子扫描件。
提交资料
携带纸质资料前往所属税务机关的办税服务厅，提交资料并进行申请。
审核过程
税务机关工作人员对提交的资料进行审核，若资料齐全、符合要求，予以受理；若资料不齐全或不符合要求，一次性告知需要补正的内容。
变更操作
审核通过后，税务机关完成变更操作，纳税人领取变更后的税务登记证或收到变更完成的通知。
其他相关手续
如果涉及税控设备，需要先把空白发票作废完，把税控盘先注销，然后做原税务机关的税务迁出。
完成工商和税务变更后，还需要更新工商注册信息和税务注册信息，需要在工商和税务机关办理相关手续。
缴纳税款
公司股东变更时需要缴税，包括个人所得税、印花税和企业营业所得税。
法律依据
纳税人应当在工商行政管理机关办理变更登记之日起30日内，向原税务登记机关如实提供相关证件和资料，申报办理变更税务登记。
建议：
确保所有变更所需材料齐全，并按照流程逐步操作，以确保变更过程顺畅。
如果涉及税控设备，务必先完成注销和迁出手续，避免影响税务管理的有效性。