商铺过户的最佳程序通常包括以下几个关键步骤：
签订买卖合同：
买卖双方就商铺的价格、交易方式等协商后，签订书面的买卖交易合同。
提交申请：
双方当事人持房地产权属证书、合法证明、转让合同等相关文件向房地产管理部门提出申请，并申报成交价格。
审查受理：
房地产管理部门对提交的文件进行审查，并在规定时间内（如15日）作出是否受理申请的书面答复。
核实评估：
房地产管理部门核实申报的成交价格，并根据需要对转让的房屋进行现场勘查和评估。
缴纳税费：
转让当事人按照规定缴纳有关税费，如房地产交易手续费等。
核发过户单：
房地产管理部门核发过户单，完成商铺买卖过户手续。
办理产权转移过户手续：
包括信息核对、签合同、共同向房地产交易管理部门提出申请、立契、缴纳税费、办理产权转移过户手续、产权登记变更和发放贷款等。
物业交割：
在过户完成后，进行店铺相关物业的交割，包括设备、装修等。
建议在办理商铺过户时，确保所有相关证件齐全且有效，按照房地产管理部门的要求准备和提交文件，并在整个过程中保持与房地产管理部门的良好沟通，以确保过户流程的顺利进行。此外，如果涉及贷款或特殊情形，可能需要额外的步骤和文件，建议提前咨询相关专业人士或房地产管理部门以获取详细指导。