施工合同变更程序通常包括以下几个步骤：
变更的提出
当合同中的工作需要进行变更时，相关方需要提出变更请求。
变更请求应包括变更的原因、内容、条款和条件等，并给对方一个答复的期限。
变更指示
根据九部委《标准施工招标文件》中通用合同条款的规定，变更指示只能由监理人发出。
监理人将评估变更请求，并在确认变更的必要性和可行性后，发出变更指示。
协商与书面通知
变更请求提出后，双方应进行协商，就变更内容、原因、时间和方式等达成一致。
协商一致后，双方应以书面形式通知对方，明确变更内容和变更后的合同条款。
签署变更协议
双方应签署变更协议，明确变更内容、变更时间、变更费用等。
变更协议需要双方当事人签名、盖章，并备案以备后续使用。
执行与备案
双方按照变更协议的约定执行，确保合同的有效性。
变更协议需要送交主管部门备案，或到鉴证机构办理鉴证手续。
争议解决
如果承包商对工程变更持有异议，应在7天内向监理公司提交争议问题，协商解决。
若协商不成，可依据合同约定的争议解决条款，向仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。
这些步骤旨在确保合同变更的合法性和合规性，同时保护合同各方的权益。在变更合同时，应遵循公平、公正、合法的原则，不得损害任何一方的利益。变更后的合同应具有合法性和可执行性。