验收申请批复程序根据不同类型的工程或项目有所不同，但大体流程可以总结如下：
提交申请
工业企业或非工业企业在项目竣工投入试生产（试运行）后三个月内，运行负荷达75%以上，需要填报《建设项目环境保护设施竣工验收申请报告》并附相关材料，向县环保部门申请验收。
建筑项目的验收申请需要由建设单位向环保局管理股提出申请，填写《武山县建筑行业环境保护验收申请表》。
施工单位向相关部门提交施工验收申请，并提供相关资料。
初步审查
相关部门对申请资料进行初步审查，确保项目符合相关法律法规和标准要求，包括项目范围、规模、投资等方面。
初步审查旨在筛选出不符合要求的项目，减少后续审查的工作量，提高审批效率。
现场勘查与评估
环保部门组织现场检查，对施工质量和安全进行监督和检查，确保施工符合要求。
相关部门对申请资料进行审查和现场评估，确保施工质量和安全。
验收与审批
环保部门组织验收，验收合格（附监测报告）后核发排污许可证；验收不合格则限期整改，整改完毕后重新申请验收。
审查和评估通过后，相关部门给予批准，并要求施工单位进行备案。
质量监督机构完成质量鉴定工作，出具工程质量鉴定报告，并审核交工验收对设计、施工、监理初步评价结果，报送交通运输主管部门。
监督与检查
在施工过程中，相关部门对施工质量和安全进行持续的监督和检查。
监理人收到承包人提交的竣工验收申请报告后，应审查申请报告的各项内容，并按不同情况进行处理。
验收合格与备案
工程质量鉴定等级为合格及以上的项目，负责竣工验收的交通运输主管部门及时组织竣工验收。
验收合格后，由监理人向承包人出具经发包人签认的单位工程验收证书。
后续工作
竣工清场，完成所有项目的收尾工作。
建议：
申请单位应提前准备好所有必要的文件和资料，确保申请过程顺畅。
在申请过程中，与相关部门保持良好沟通，及时解答可能存在的问题，以提高验收效率。
对于不符合环保要求或施工质量不合格的项目，应及时整改，并在整改完成后重新申请验收。