工程占地审批程序根据是否涉及永久基本农田而有所不同，具体程序如下：
涉及永久基本农田
建设项目如确需占用国土空间规划确定的城市和村庄、集镇建设用地范围外的农用地，并且涉及占用永久基本农田，则必须由国务院批准。
不涉及永久基本农田
对于不涉及永久基本农田的建设项目，由国务院或者国务院授权的省、自治区、直辖市人民政府批准。
具体审批步骤：
建设项目批准、核准前或备案前后
由自然资源主管部门对建设项目用地事项进行审查，并提出建设项目用地预审意见。如果建设项目需要申请核发选址意见书，应当合并办理建设项目用地预审与选址意见书，并核发建设项目用地预审与选址意见书。
建设单位提出建设用地申请
建设单位需持建设项目的批准、核准或备案文件，向市、县人民政府提出建设用地申请，并填写《建设用地申请表》，同时提交相关申报材料。
市、县人民政府组织拟订农用地转用方案
市、县人民政府在接到建设单位的用地申请后，会组织自然资源等部门拟订农用地转用方案，并报有批准权的人民政府批准。如果涉及占用永久基本农田，还应当对占用永久基本农田的必要性、合理性和补划可行性作出说明。
农用地转用方案审批
农用地转用方案经批准后，由市、县人民政府组织实施。
征地批准程序
建设项目依法经国务院或省政府批准后，建设单位向市、县政府地政部门提出建设用地申请，市、县政府地政部门审查后拟订征用土地等方案，经市、县政府同意后逐级上报，最终由征用土地等方案依法由国务院或者省政府批准。
建议：
建设单位在申请工程占地时，应提前了解相关政策和程序，确保申请材料齐全、准确，以提高审批效率。
涉及的各部门应严格按照规定程序操作，确保审批过程的合法性和合规性。