工程造价审计程序一般包括以下三个阶段：
审计计划阶段
确定审计项目：根据不同的审计主体，审计项目的确定方式有所不同。国家审计机关主要根据上级审计机关和本级人民政府的要求确定审计工作重点，编制年度审计计划。社会审计组织则根据自身的综合能力、经济利益及审计风险的大小确定审计项目。内部审计机构则根据本部门和本单位当年项目建设安排，按照管理者的要求，根据项目的重要程度和风险的大小，结合自身的能力，有重点地选择审计项目。
成立审计组：审计项目确定后，根据项目的性质和具体审计内容合理安排组织审计人员，成立审计组，明确审计小组组长，并进行合理分工。在组织审计人员时，应结合项目的具体性质和审计的内容，按审计人员的知识结构和年龄结构等因素进行合理配备。
制定审计方案：审计方案是对整个审计工作事前作出的整体安排，科学合理的审计方案可以节约审计时间，提高审计效率。审计方案包括审计工作方案和审计实施方案两个部分。审计工作方案由派出的审计机关编制，审计实施方案由派出的审计组编制，经审计组所在部门负责人审核，报审计机关主管领导批准后，由审计组负责实施。
审计实施阶段
工程量审计：审计人员依据竣工图纸、现场勘查记录以及工程计量规范，对施工单位上报的工程量进行逐一核对。例如，在建筑工程中，对土方工程的挖方量、填方量要检查计算是否准确，是否存在重复计算或虚报的情况。对于隐蔽工程，要重点审查隐蔽工程验收记录的真实性与完整性，必要时可采用钻芯取样等技术手段进行核实。
价格审计：审查材料价格是否合理。对照市场价格信息、采购合同以及发票等，核实材料的采购价格是否符合当时的市场行情。对于一些价格波动较大的材料，要关注其价格调整依据是否充分。
费用审计：对施工过程中的各项费用进行审计，确保费用计取合规、基数准确。
审计终结阶段
数据分析和比对：对收集到的数据进行仔细的检查和分析，包括对合同金额、材料采购成本、人工费用等进行比对，以确定各项费用是否符合合同约定和实际情况，并进行相关的数据统计和计算。
财务审查和核算：对工程项目的财务报表进行审查和分析，包括对收支情况、利润和成本结构等进行详细的检查和核对，以确定工程项目的财务状况和盈利能力。
问题识别和风险评估：对可能存在的问题进行识别和评估，以确定对项目造价的影响和风险程度，并提出相应的解决措施和改进建议。
编写审计报告：根据审计的结果和发现，撰写审计报告。报告应包括问题分类、条理清晰、造价偏差详细列示、原因分析透彻、责任界定明确，并提出整改建议。
以上是工程造价审计的一般程序，具体实施过程中可以根据项目的具体情况进行调整。