修建祠堂的合法程序主要包括以下几个步骤：
咨询民宗部门：
首先需要到当地的民宗部门进行咨询，了解修建祠堂是否符合当地政策和法规要求。如果合法，则可以进行下一步的审批手续。
办理用地手续：
如果民宗部门认定修建祠堂合法，则需要到国土部门办理用地手续。这包括申请土地使用权，并经过审批后方可进行建设。
办理规划许可手续：
在县级以下乡镇，修建祠堂需要办理规划许可手续，包括乡村建设规划许可证等。具体流程是先符合村庄规划，然后报乡（镇）政府审查，一些乡镇如受县自然资源主管部门委托，可直接审批，核发乡村建设规划许可证。未受委托乡镇还需上报到县自然资源主管部门审批后核发。
办理其他相关手续：
根据具体情况，可能还需要办理消防部门的消防许可证及其他一些必要的手续。
需要注意的是，政策上没有明文规定是否允许修建祠堂，因此建议提前咨询相关部门，确保所有手续合法合规。此外，如果是在原有的地方重新修缮，也需要办理用地审批手续，否则可能构成违法行为。
综上所述，修建祠堂需要经过民宗部门和国土部门的审批，并可能需要办理规划许可和其他相关手续，确保所有流程合法合规。