合法开除员工的程序主要包括以下几个步骤：
明确解除理由
企业应根据《劳动合同法》的相关规定，明确解除劳动合同的理由，这些理由可能包括员工严重违反规章制度、不能胜任工作、严重失职等。
企业需要收集相应的证据来支持其决定，例如《规章制度签收确认函》证明员工已经学习并签收了规章制度，《员工处罚通知书》明确员工的违规违纪行为，《培训记录表》标明企业对不胜任的员工履行了培训程序。
通知工会
如果企业设有工会，那么在作出开除决定前，应事先将理由通知工会。
工会有权提出意见或建议，企业应当认真考虑工会的意见。
书面通知员工
在确定解除理由并征得工会同意（如有）后，企业应向员工发出单方解除劳动合同的书面通知书。
这份通知书是企业开除员工的关键法律文件，其内容必须准确、完整、合法。
经济补偿金的计算
根据《劳动合同法》的规定，计算经济补偿金的基数为劳动合同解除之日前十二个月正常总收入的平均数。
办理工作交接
员工在接到开除通知后，应按照双方约定办理工作交接。
出具解除或终止劳动合同的证明
用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
支付经济补偿
解除劳动合同时，用人单位需按照《劳动合同法》第四十七条的规定向劳动者支付经济补偿。
建议
企业在开除员工时，务必严格按照上述程序进行操作，确保每一步都合法合规，避免因程序不当导致的法律纠纷。
企业应提前准备好相关证据材料，确保在解除劳动合同时有充分的证据支持其决定。
企业在通知工会和员工时，应确保通知的内容准确无误，避免因沟通不畅引发误解或争议。