刑事立案查办程序主要包括以下几个步骤：
接受报案、控告、举报和自首
公安机关、人民检察院或人民法院应当接受报案、控告、举报和自首的材料，并进行初步登记和审查。
审查材料
审查的内容包括犯罪事实是否清楚，证据是否充分，犯罪嫌疑人是否明确等。
作出立案决定
经过审查后，如果认为存在犯罪事实并需要追究刑事责任，则应当作出立案决定；
如果认为没有犯罪事实或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任的，则应当作出不予立案的决定，并将不立案的原因通知控告人、举报人或者自首人。
通知立案或不立案结果
人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；
不予立案的，应当制作《不予立案通知书》，并送达控告人等相关人员。
侦查
立案后，侦查工作随即展开，侦查机关（主要是公安机关）会运用各种侦查手段全面收集犯罪证据，包括讯问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验检查、搜查、扣押物证、书证、鉴定等。
拘留和逮捕
对于被拘留的重大嫌疑分子应当在拘留后的24小时以内进行讯问，并在必要时申请逮捕。
审查起诉
检察院审查案件后，认为犯罪事实已查明并且证据确实充分的，应当按照审判管辖规定向法院提起公诉。
审判
由法院负责，包括受理、开庭、庭审和判决等环节，法院在受理案件后，会确定开庭日期，并确保各方得到通知。
以上是刑事立案查办的基本程序，具体操作中可能会有所不同，但大致流程如此。