价格质疑的程序如下：
提出质疑
海关对申报价格的真实性、准确性有疑问，或者认为买卖双方之间的特殊关系可能影响成交价格时，会向纳税义务人或其代理人制发《中华人民共和国海关价格质疑通知书》。
提供资料
纳税义务人或其代理人应当自收到价格质疑通知书之日起5个工作日内，以书面形式提供相关资料或其他证据，证明其申报价格真实、准确或者双方之间的特殊关系未影响成交价格。如有正当理由无法在规定时间内提供资料，可以在规定期限届满前以书面形式向海关申请延期，延期不得超过10个工作日。
价格磋商
对于进口货物没有成交价格，或申报明显不符合成交价格条件的情况，海关无须履行价格质疑程序，可直接进入价格磋商程序。
价格磋商是指海关在使用除成交价格以外的估价方法时，在保守商业秘密的基础上，与纳税义务人交换彼此掌握的用于确定完税价格的数据资料的行为。
审核与处理
海关在收到纳税义务人或其代理人提供的资料后，将进行审核，并根据审核结果决定是否接受申报价格，或者进行下一步的处理。
总结：
海关对申报价格提出质疑后，将通知纳税义务人或其代理人提供相关资料或证据。纳税义务人有5个工作日的时间进行回应，若无法在规定时间内提供资料，可申请延期。海关在收到资料后将进行审核，并根据情况决定是否需要进行价格磋商。