交通运输行政执法程序规定主要包括以下内容：
总则
目的：规范交通运输行政执法行为，促进严格规范公正文明执法，保护公民、法人和其他组织的合法权益。
适用范围：交通运输行政执法部门及其执法人员实施交通运输行政执法行为，包括公路、水路执法部门及其执法人员依法实施的行政检查、行政强制、行政处罚等执法行为。
原则：事实认定清楚，证据确凿；适用法律、法规、规章正确；严格执行法定程序；正确行使自由裁量权；依法公平公正履行职责；依法维护当事人合法权益；处罚与教育相结合。
执法程序
管辖程序：明确地域管辖、级别管辖、共同管辖和指定管辖等适用条件。
回避程序：定义及适用条件，包括执法人员是本案当事人或近亲属、与本案有利害关系等。
送达程序：确保执法决定及时、准确地送达当事人。
监督与责任
执法监督制度：上级交通运输执法部门应定期组织开展行政执法评议、考核，加强对行政执法的监督检查，规范行政执法。执法部门应主动接受社会监督，公民、法人或其他组织对执法行为有权申诉或检举。
责任追究：执法部门应认真审查申诉或检举，发现有错误的，应主动改正。
信息化建设
执法部门应全面推行行政执法公示制度、执法全过程记录制度、重大执法决定法制审核制度，加强执法信息化建设，推进执法信息共享，提高执法效率和规范化水平。
这些规定旨在确保交通运输行政执法的合法性、公正性和透明度，保障公民、法人和其他组织的合法权益。