文书档案整理规则主要包括以下几个方面：
遵循文件的形成规律：
归档文件整理应遵循文件形成的自然规律，保持文件之间的有机联系，以便于查找和利用。
保持文件之间的有机联系：
文件之间的规律决定了它们之间存在有机联系，这种联系能更明确地反映职能活动的历史面貌，并为归档后的查找和利用提供方便。
区分不同价值：
根据文件的不同价值，将其划分出不同的保管期限，并进行分别整理归档。这有助于更好地管理和利用档案。
便于保管和利用：
归档文件整理的最终目的是便于保管和利用。因此，在整理过程中应确保文件的齐全完整，对破损或字迹模糊的文件进行修整或复制，并使用符合档案保护要求的书写材料、纸张和装订材料。
符合文档一体化管理要求：
归档文件整理应符合文档一体化管理要求，便于计算机管理或计算机辅助管理。同时，应保证纸质文件和电子文件整理的协调统一。
以件为单位进行整理：
归档文件一般以件为单位进行保管和整理。同一个问题的请示与批复、带有附件的文件等，都应按一件进行保管，并在“备注”栏中填写相关信息。
编制档号：
在归档文件整理过程中，赋予其一组字符代码，即档号，以体现归档文件的类别和排列顺序。
修整和装订：
对已破损的文件进行修补或托裱，对字迹模糊或易褪变的文件进行复制，并使用符合档案保护要求的书写材料、纸张和装订材料。
分类方法：
归档文件可以采用年度—机构（问题）—保管期限或保管期限—年度—机构（问题）等方法进行分类。同一全宗应保持分类方案的稳定。
排列顺序：
文件应按照一定顺序排列，如制发文、正文在前，发文稿纸在中间，文件底稿在后；接收文、公文处理纸在前，文件原件在后等。
编目和装盒：
对归档文件进行编目、装盒和排架，使之有序而规范。
这些规则旨在确保文书档案的系统性、完整性和可检索性，便于长期保存和高效利用。在实际操作中，应根据具体情况和需求，灵活运用这些规则，以达到最佳的整理效果。