处理拖欠农民工工资案件的工作程序可以总结如下：
投诉受理与初步调查
农民工需提交被欠薪的相关证明材料。
清理拖欠农民工工资联席会议办公室负责登记受理投诉，并联系被投诉单位进行初步调查了解。
案件转交与调查核实
根据属地管理和行业主管原则，联席会议办公室将案件转交相关乡镇场或行业部门限期调查核实并协调办理，同时按时限反馈办理结果。
应急处理
组成处理小组进行应急处理，项目经理负责召集各劳务工区相关负责人到场，协助调查核实，责成支付民工工资。
施工部门负责调查核实欠薪及数额，责令欠薪工区立即处理。
安全部门和质检部门负责维持现场秩序，预防、制止违法犯罪行为。
财务部门负责劳务公司欠薪应急事件的配合处理。
劳动仲裁程序
争议发生后一年内申请仲裁，递交仲裁申诉书。
仲裁委员会收到申诉书之日起五日内作出是否受理的决定。
仲裁庭开庭五日前书面通知双方当事人。
开庭，明确请求，答辩，调查事实，举证质证，辩论，陈述。
调解，调解不成则裁决。
工资清欠流程
劳动监察机构收到用工单位提交的材料进行审核，符合销户和退还条件的，向银行开出销户和退还通知书。
银行根据通知书对用工单位农民工工资准备金专户内的分户进行注销，并将分户内的资金退还到用人单位指定账户。
办理开户及预存手续，劳动监察部门依据工程合同核定交存金额，确定开户银行，并向用工单位开出开户及预存通知书。
用人单位根据通知书要求，到指定银行开设农民工工资准备金专户，并预存农民工工资准备金。
以上程序仅供参考，具体操作过程中应结合实际情况进行调整。