加工中心合并程序的方法如下：
刀具号不重复 ：确保每个刀具号在整个程序中都是唯一的，以避免加工过程中发生错误。
分阶段编程
将程序分为两部分，前半部分用于加工第一个工件，后半部分用于加工第二个工件。
如果有两个工作台，可以同时遍历两个工件，则两个程序可以分别编写并在需要时切换使用。如果只有一个工作台，则需要将两个工件的加工内容合并到一个程序中。
工件坐标系
每个工件的工件坐标系需要分别记录，并在切换工件时进行更改。
可以在程序中使用自动输入坐标系指令G10 L2 P1 XYZ来简化坐标系的切换过程。
如果坐标系数量不足，可以使用扩展坐标系G54.1 P1~P99，最多可以设定100个坐标系。
夹具摆放
确保两个夹具的安装和下刀不会发生干涉，并根据实际情况进行摆放。
在编程时，注意工件的位置和方向，以确保加工精度和效率。
通过以上步骤，可以有效地将两个工件的加工内容合并到一个程序中，从而提高编程的便捷性和加工效率。