收购农产品的进项税抵扣主要分为两种方式：凭票抵扣和核定抵扣（核定扣除）。
凭票抵扣
一般纳税人
增值税专用发票：按票面注明的税额抵扣。
海关进口增值税专用缴款书：按缴款书上注明的税额抵扣。
农产品收购发票或销售发票：按发票上注明的金额乘以9%的扣除率计算进项税额。
用于生产13%税率货物：在领用当期可加计抵扣1%的进项税额，即扣除率为10%。
小规模纳税人
征收率为3%的增值税专用发票：按专用发票上注明的金额乘以9%的扣除率计算进项税额。
农产品收购发票或销售发票：按发票上注明的金额乘以10%的扣除率计算进项税额。
核定抵扣（核定扣除）
核定抵扣适用于特定情况，具体操作如下：
计算公式：用发票上注明的货物金额乘以13%作为进项税额抵扣，然后用发票上的金额减去抵扣的进项税额作为货物的成本进行入账。
注意事项
纳税人购进农产品用于生产销售或委托加工13%税率货物的，应分别核算对应的农产品进项税额。
取得流通环节小规模纳税人开具的增值税普通发票，不得计算抵扣进项税额。
购进农产品用于抵扣的票据一般有增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票和销售发票。
总结
收购农产品的进项税抵扣根据不同的采购渠道和销售方有所不同，一般纳税人可以根据取得的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票或销售发票进行抵扣，而小规模纳税人则需要根据相应的发票计算进项税额。此外，对于用于生产13%税率货物的农产品，还可以享受加计抵扣的优惠政策。